Ein Charakteristikum dieser größten Höhle Tirols ist die Tatsache, dass der Eingang direkt unter dem Spannagelhaus zugleich der oberste Punkt des Höhlensystems ist (Es ist sehr unwahrscheinlich,
dass es befahrbare Fortsetzungen weiter hinauf gibt, da der Hochstegenmarmor nach Süden unmittelbar hinter dem Spannagelhaus sichtbar auskeilt). Über diverse Zufuhrwege der Luft in die unteren
Höhlenteile, besonders in das Nordsystem ist wenig bekannt. Tatsache ist aber, dass besonders im Nordsystem Wetterführung spürbar ist. Diese kann in eng begrenzten Passagen, wie dem Klufttunnel
oder dem Kolkgang, noch deutlicher jedoch im Bereich der Sandschlüfe oder des Nadelöhrs durchaus unangenehme Windstärken erreichen.
Die Bewetterung der Spannagelhöhle folgt dem Kamin-Effekt: Ist die Außenlufttemperatur niederer als die der Höhlenluft (d.h. unter cirka +2°C), so steigt letztere in der Höhle hinauf und es bläst
am Eingang relativ warm hinaus und umgekehrt. Diese jahreszeitlich drehende Bewetterung kann schön mittels eines automatischen Temperatur-Messgerätes aufgezeichnet werden, das cirka 50 m hinter
dem Eingang im Eingangslabyrinth der Schauhöhle angebracht wurde.
Während der kalten Jahreszeit herrschen im Schauhöhlenteil ziemlich einheitlich niedere Temperaturen zwischen +1,0 und +1,5°C. Die Luft hatte auf ihrem Weg durch das verzweigte Höhlensystem genug
Zeit, um sich der dortigen Gesteinstemperatur anzunähern und die gemessenen Werte stimmen auch sehr gut mit denen in entfernteren (tieferen) Höhlenteilen überein. Die auf diesem
Untergrund-Spektrum aufsitzenden Zacken markieren jene Zeiten, zu denen Außenluft von oben zumindest bis in die Schauhöhle vordringen konnte.
Das erste ,,Kippen" der bergwärts gerichteten Zirkulation fand im Jahr 1999 am 27. Mai, im Jahr 2000 schon am 11. Mai und 2001 am 22. Mai statt. Die Aufzeichnungen zeigen aber, dass dieses erste
,,Kippen" nicht von Dauer war und die Bewetterung nochmals (fast) auf ,,Winterbetrieb" zu-rückkehrte: am 20. Juni 1999, am 18. und 29. Mai 2000 und zwischen 3. und 21. Juni 2001. Unmittelbar
danach beginnt endgültig die Luft oben bergeinwärts zu strömen und wir finden am Messpunkt immerhin ein gutes Stück vom Eingang entfernt und cirka 2510 m über Meeresniveau beachtliche Plusgrade
von bis zu +7°, z.B. von 16. bis 21. August 2000 oder am 2. August 2001. Das nunmehrige Temperaturmuster ist ein direktes Abbild des obertägigen Temperaturverlaufs. Wir können also selbst in
einigen Zehnermetern Tiefe in der Schauhöhle auf Grund der deutlichen Bewetterung den Temperaturverlauf des Sommerhalbjahres detailliert mitverfolgen! Generell zeigt der Sommer einen Trend
ansteigender Temperaturen bis zu einem Maximum im August, gefolgt von einer graduellen Temperaturabnahme und dem Übergang zur aufsteigende Zirkulation (meist ab Anfang November). Dass dieser
Temperaturverlauf aber nicht immer so einheitlich ist, zeigt das Jahr 2000 mit einem ausgeprägten Tiefpunkt in der ersten Juli-Hälfte bzw. das Jahr 2001, als nach hohen August-Temperaturen die
Werte Anfang September stark absanken, um sich erst in der ersten Oktober Hälfte wieder einigermaßen zu erholen.
Wie weit lassen sich nun diese Temperatur-Anomalien in Richtung Höhleninneres feststellen? Die nächste automatisch aufzeichnende Messstelle befindet sich erst ein gutes Stück weit im Berg, und
zwar in der Hermann-Gaun-Halle (cirka 365 m direkte ,,Luftlinie” vom Eingang entfernt). Dort lassen sich innerhalb der Auflösung des Gerätes keinerlei witterungsbedingte Schwankungen mehr
feststellen (konstant +1,3° C). Vermutlich wird sich wohl bereits im oberen Kolkgang die Lufttemperatur soweit an die des Gebirges angeglichen haben, dass oberflächliche Variationen nicht mehr
erfasst werden können. Messserien aus diesen Höhlenteilen zeigen monoton-stabile Werte, unterbrochen nur von kleinen, sehr kurzzeitigen Spitzen, die die geringe kurzfristige Erwärmung durch
vorbeikommende Höhlenforscher anzeigen.
Messungen der relativen Luftfeuchtigkeit ergaben, dass in sämtlichen eingangsfernen Teilen eine nahe der Sättigung liegende Feuchte vorherrscht, die im Winterhalbjahr durch Nachlassen der
Tropftätigkeit geringfügig auf 96-97% absinken kann.
Der Kohlendioxid-Gehalt der Höhlenluft - ein Maß für die Beschaffenheit des Bodens oberhalb der Höhle - ist sehr ähnlich dem des atmosphärischen Wertes in dieser Höhenlage und zeigt keinerlei
systematische Schwankungen; wohl ein Resultat der primär geringen Konzentration, bedingt durch die bescheidene alpine Bodenmächtigkeit, sowie der guten Luftzirkulation und -durchmischung.