Eine detaillierte Beschreibung der Höhlenabschnitte ist nicht Gegenstand dieses Artikels. Es soll hier nur ein Abriss der wesentlichen Gangsysteme erfolgen; es ist außerdem in
der Natur der Sache, dass dieser bald überholt sein wird, da die Exploration der Höhle munter voranschreitet.
Wie bereits ein flüchtiger Blick auf den Grundriss des derzeit bekannten Höhlennetzes zeigt, folgen die Gänge klar zwei Hauptrichtungen, einmal einer WSW- bis Westrichtung und
einer Nordrichtung. Man kann sich die räumliche Lage des Höhlensystems veranschaulichen, indem man sich eine Gesteinsschicht - den Hochstegenmarmor - vorstellt, die sowohl
nach Westen wie nach Norden geneigt ist (also Einfallen etwa NNW). Der Eingang direkt beim Spannagelhaus ist somit der höchste Punkt des Systems. Von dort ziehen die
Gangsysteme nach Westen bis zum ÖTK-Schacht hinunter. Parallel dazu gibt es einen zweiten Eingang, die Schneefleck Höhle, deren Fortsetzung, der Gneisbach, ebenfalls unter die
markante Ufermoräne des 1850er Gletscherstandes hinunterzieht. Beide Bäche, der Kolkgangbach und der Gneisbach sind saisonal wasserführend und legen die Basis des Marmors
frei. Der ÖTK-Schacht, der derzeit größte Schacht des Systems (-22 m), ist an das steile flexurartige Abbiegen der Schichten gebunden. Es schließt die Hermann-Gaun-Halle an,
die auf eine auffallend stark versintere Querstrecke im Bereich der Spreizschlucht trifft. Am Fuße dieses Canyon wurde ein großer Kolk ausgegraben und dient nun als
Wasserreservoir für das Spannagelhaus (Wasserfassung III; die beiden anderen befinden sich im Kolkgang). Von dort zieht ein Hauptstrang des Höhlensystems gegen Westen
hinunter, wobei Canyons dominieren. Im Bereich Tunnel der Hoffnung ist eine schöne, fast kreisrunde Röhre erhalten geblieben, die höhlengenetisch von Bedeutung ist. Lokal
treten nette, mehr oder wenige aktive Versinterungen
auf, so beispielsweise in der Märchenwelt. Der westlichste Punkt, das Bauchbad ist 871 m westlich des Einganges und 326 m tiefer als dieser. Die Überlagerung durch den
Zentralgneis beträgt an dieser Stelle bereits cirka 190 m. An dieses Westsystem schließen sich nach Norden drei weitere, plus/minus parallele Gangsysteme an, der enge
Gneisbach, der Plattengang, sowie das erst seit kurzem erforschte Millenniumsystem. Der Plattengang ist ein fossiles System, das in starkem Zerfall begriffen ist und vom
95er-Fenster Richtung Hexenküche, hinunterzieht. Das erst im Jahr 2000 entdeckte Millenniumsystem fand eine Verbindung in WSW-Richtung zwischen dem nördlichen Spinnengang und
dem 95er-System. Letzteres war der große Durchbruch bei der Exploration der Spannagelhöhle. Dieses 95er- oder Nordsystem beginnt am gleichnamigen 95er-Fenster dort, wo der
Plattengang auf den Christine-Kapfinger-Dom trifft. Es schließen verwinkelte,
schön ausgebildete Gänge an, die von den Sandschlüfen unterbrochen werden. Abgweigungen nach Westen oder Osten sind bescheiden, mit Ausnahme des Porzellanladens. Südlich davon
kann man vom Hauptsystem in ein unterlagerndes System an der Marmorbasis absteigen, das in seinen südlichen Abschnitten noch nicht komplett vermessen ist und drei kurze
Schächte umfasst. Eine größere Abzweigung vom höher gelegenen Gangsystem ist der Tropfsteingang,.der ebenfalls
verwinkelt in einem Sandschluf endet. Im Tropfsteingang finden sich schöne, zum Teil eindeutig aktive Sinterbildungen. Eine südlich davon abgehende Strecke führt Sintertor
(wesentlich kleiner und enger als der Name impliziert!) und von dort wurde bereits eine Verbindung zurück zum unterlagernden Hauptsystem begangen. Von der Abweigung zum
Tropfsteingang fällt das Niveau des Nordsystems stufenweise bis zu den Kristallgängen ab und befindet sich stets nahe an der Grenze zum hangenden, basal stark verschieferten
Zentralgneis. Östlich der Kristallgänge wurden heuer (2002) eine Reihe von neuen Gängen entdeckt, die zum Teil analog dem Westsystem nach Westen einfallen, zum Teil aber
zurück nach Süden zum unterlagernden Nordsystem verbinden. Von den Kristallgängen, benannt nach den glitzernden Überzügen aus Gips, gelangt man einerseits durch den
Klufttunnel Richtung Spannagelhalle, andererseits führt eine längere Abzweigung tiefer hinunter nach Nordwest. Vor der Spannagelhalle befindet sich noch die schräg angelegte
Blockhalle, erfüllt mit großen Marmorblöcken, die sich an der Decke (dort verläuft die Gesteinsgrenze) gelöst haben. Die Spannagelhalle selbst ist die weiteste Halle der
Höhle; ihr Boden ist im hinteren Teil mit Sand und Geröllen bedeckt. Im vorderen Teil befindet sich ein großer, stumpfkegeliger Stalagmit, wahrscheinlich der größte des
Höhlensystems. Von der Halle gehen mehrere Fortsetzungen ab, die zum Teil nahe an die Oberfläche führen.
